一、西藏高僧小庙打坐
相传，准格尔召在建成之前，这里古木参天、蟒蛇遍地，其间只有一座小庙，庙中无人敢住。忽一日，有两个去五台山朝觐的西藏喇嘛途经此处，下榻小庙而安然无恙，当地人佩服他们法力高强，纷纷挽留两位上师在此地讲经布道，准格尔王爷更是发愿为两位上师建造规模宏大的庙宇殿堂。于是，两位上师在返程中再次来到准格尔召，驻扎下来，弘扬佛法，普渡众生。
二、白狐衔桩
据说准格尔召最初的庙址不是今天的地方，而是现在召庙南的五里石磊壕。当时已经钉好木桩准备择日动工。就在准备开始施工的时候奇怪的事情发生了，去施工的人们发现定好的木桩全都消失不见，于是沿着踪迹寻找，在现召庙所在地发现了原来的木桩，还能看见白狐的脚印。当地的百姓认为是狐仙把钉好的木桩叼到现在准格尔召坐落的地方。同时，有人发现现在召庙所在地有两条大蟒若隐若现。大家认为这是上天的安排，便择了良辰吉日动土新建。
三、林丹汗毁庙
1633年，蒙古察哈尔部林丹汗继位31年时，心中着魔与西藏藏巴汗勾结。产生了彻底铲除格鲁派的野心，依着军队势力出兵征讨西藏，途径呼和浩特、鄂尔多斯，来准格尔召大肆行凶。所有喇嘛板定闻风四处逃散，只有郭尼尔喇嘛（管护殿堂喇嘛）来不及逃跑，只好躲藏到大庙中银制主佛释迦牟尼大佛后面。林丹汗手持巨斧闯进殿堂向释迦牟尼塑像砍去，忽听到“啊哟”一声，林丹汗当时吓的瘫软在地，认定是不祥之兆，率部立即北上，不久便死去。原来，是躲在释迦牟尼像后面的郭尼尔喇嘛，看到利刃向他劈来，便失声喊了出去。这样却保住了释迦牟尼佛像，也使准格尔召躲过了一次浩劫。
林丹汗
四、神奇的龙柱
在药师佛殿内东南方有一根未进行油漆的柱子。闪身观看会发现这根高12米的柱子上有条“龙”盘柱而上，龙头龙尾清晰可见，令人叹为观止。一个偶然的机会，施工的人员发现坐落在药师佛殿东南方向的这根柱子上面显现了清晰的龙纹图案，于是立即将这个消息报告了旅游区建设负责人，消息不胫而走，大家都把这个现象看作是一种祥瑞之兆而欢呼雀跃，并决定不再油漆而永久保留。在此之前，它像所有树木一样茁壮成长，也像准格尔召恢复性建设所有的柱子一样被当作栋梁。龙纹的显现，给这根栋梁之材、给准格尔召增添了新的内涵，更加彰显了准格尔召的神奇。
而发现这根龙柱的日子，是农历九月三十，这一天正是药师佛的诞辰之日。
位于药师佛殿内的龙柱
五、骑羊护法的奇缘
在大常署的西配房，供奉着一尊骑羊护法神。骑羊护法者是个铁匠，他头戴笠帽，身穿外套，脚上着靴，骑在一头曲角长鬃的红山羊身上，右手高举着铁锤，左手拿一具虎皮风箱。这些铁匠的工具也是他护法的武器，而那头大山羊是他生命的依附之处。据说帮护法神拉风箱的是一位女神，护法神黑面狰狞，负责保护朝圣者不受外魔的侵害。骑羊护法有两项功德，一项是保佑事业亨通，另一项是庇佑追求佛法的人。满世集团的创始人——刘满世董事长全家就在这个屋子住了15年，而他本人就是从铁匠起家，也是铁匠这个职业改变了他的人生和命运，并缔造了一个全国民营500强企业——满世集团。
1972年，家境贫困的刘满世夫妇带着刚出生百天的长子刘至住进了骑羊护法殿。由于这个时候正处于“文化大革命”时期，骑羊护法像已被“请走”。刘满世先生被分到了综合厂打铁，妻子高玉英女士是邮电所的业务员，办公就在今天的大常署。据当地人回忆，原来这个殿也有人住过，但是要么一病不起、要么事业不成。但是，刘满世全家住了15年，相安无事。这不能不说是一段奇缘。
六、梅花神鹿的传说
传说，有只梅花鹿被猎人打伤后，它不顾疼痛拼命逃跑。放牛娃看到后，把梅花鹿藏到了牛群中。猎人一路追来，没找到梅花鹿，就问放牛娃有没有看到一只受伤的梅花鹿。放牛娃指着前方道：“它从那边逃跑了”。等猎人走远了，放牛娃将受伤的梅花鹿带回家中，为梅花鹿敷伤。渐渐地梅花鹿的伤口一天天好起来，经常跟着放牛娃上山放牛，梅花鹿到过的山坡草越长越多，越长越嫩。这件事让财主知道了，财主就派人在夜里将梅花鹿偷走了，圈在自己的山坡上。天刚亮，财主便领着家人来看梅花鹿，却不曾见到梅花鹿的踪迹，只有密密麻麻的梅花鹿脚印，以及光秃秃的山。气急败坏的财主命手下去追梅花鹿，跑了一夜的梅花鹿已经筋疲力尽，再也没有力气逃跑，活活被财主的手下打死。
放牛娃悄悄用牛将梅花鹿的尸体驮到绿草地上，这时出现一位身着袈裟的喇嘛路过这里，便对放牛娃说：“你把它埋在这里，就会风调雨顺，年年有好收成。”说完喇嘛便不见了。此后，放牛娃每次放牛都会绕道这里看望梅花鹿。一天夜里，放牛娃梦见自己骑着神马，刚来到梅花鹿的坟前，就遇见了那位身着袈裟的喇嘛。喇嘛指着堆在旁边的一些砖瓦对他说：“一定要在这里建一座庙宇，名字叫…”话还没说完，喇嘛又怕他记不住，便将庙宇的名字写在放牛娃的手上。一觉醒来，放牛娃看到了手上的字，但因他不识字便跑去问识字的人，并将做的梦告诉了识字人。识字人将村民们召集起来在这里修建了一座庙，还将放牛娃手上的字做成横匾悬挂在庙门上。寺庙的名字就叫准格尔召。
七、建召选址的另一个传说
相传，鄂尔多斯的广慧寺（即王爱召）建成后，为了扩大佛教的影响，博硕克图济农决定修建第二大召。于是指派一名大喇嘛领人选址，要求距广慧寺不远，地理条件要好，而且具有灵气、仙气。
大喇嘛领令后带了几个小喇嘛出发了。向什么地方去，他们心中也没有数，就信步沿着母哈尔川向南走去。大约两三天以后，他们来到一处地方，向四周看去，这里三面环山，中间水草丰茂，一条清澈见底的溪流向西流淌，静心去听，可以听到溪水唱出的歌声，是那么恬静、舒展、优美。平缓的山坡上长满了参天的古木，葱茏醉人，草丛中野花竞艳，飞蝶翻舞。他们被这仙境般的美景吸引住了，口中啧啧赞美，大喇嘛看上了这块风水宝地，他对小喇嘛们赞叹地说：“美哉，斯地也！乃天赐圣地，布达拉美其当然。”
几个小喇嘛喜出望外的齐声答道：“然！我济农之福也！”
就在几个人美哉美哉之时，忽有一条巨蛇哧溜一下从他们脚下飞了过去，让他们吃了一惊。继而又从丛林中跑出一只雪白的小鹿，它好像并不怕人，从容地向他们跑来。大喇嘛看到这种景象，心中非常高兴。这是吉祥的祝福。他于是举起右手至胸前，口中念着祝语，赞美这只白鹿。那白鹿在他们身前身后缓步而行，亲密的用嘴嗅来嗅去。喇嘛们用手摸着白鹿的头，摸着洁白的背，心中真是惬意极了。
后来那白鹿缓步向前走去，大喇嘛随后跟着。天色晚了，夕阳染红了片片白云，晚霞瑰丽多姿。白鹿也披上了淡雅的红色轻纱，人和动物都像站在了仙境中。
第二天，大喇嘛领着众人返回了广慧寺，向博硕克图济农讲了它们所看到的这个地方的景致。博硕克图济农听了介绍后欣喜若狂，当即就定了。不久就在这里开工建设，请众人商议，给这座召庙起名叫做准格尔召。
八、佛的惊叫
1632年，林丹汗被满洲人所败，林率10万人马西退，一路其实已溃不成军。1633年春，林丹汗来到水草丰美的鄂尔多斯，分师几路，驻鄂托克、乌审旗、杭锦旗、达拉特草原，自己则亲率察哈尔近卫军驻准格尔旗。察哈尔是怯薛军的驻地，也即怯薛丹，这是由圣主成吉思汗亲创的近卫军，编制一万人。林丹汗是成吉思汗的直系后裔，即汗位的继承人，也是血统的继承人。因此，他的军队既领有白纛（国旗），又领有花纛（军旗）。林丹汗的权力很大，他一到鄂尔多斯，便把额璘臣的济农（副统帅）免去了，并将额璘臣的母亲挟持。
鄂尔多斯是蒙古草原上黄教的中心，又是成吉思汗陵的圣地。黄教兴起时，林丹汗曾给予积极扶持，鄂尔多斯的四大庙宇都有对林丹汗积极支持的记录，可以说，黄教成为蒙古族的宗教信仰，林丹汗起过重要作用。林丹汗在与满洲人作战失败后，意识到黄教对蒙古社会及蒙古族的发展有害，开展了一次灭佛运动，这次灭佛，直接导致了林丹汗的政治失利，政治失利的后果便是人心尽失，统治动摇，反对者甚重。
此时，黄教已经成为蒙古族的国教。林丹汗灭佛的后果可想而知。额璘臣便是反对者之一，因此，当右翼三万户起兵反对林丹汗时，额璘臣就坚定地站在反叛者一边。林丹汗驻准格尔期间，多数时间住在黄河岸边的察汗固少召（即喇嘛洞）。察汗固少召一面临水，三面临渊，是个一人把关，万夫莫开的地方。就是因为林丹汗住在这里，供奉九足白纛，远近的蒙古族群众都要朝拜，固喇嘛洞才被称为察汗固少召（白旗召），这是喇嘛洞称察汗固少召的由来。林丹汗在这里发号施令，先是令人烧毁了鄂托克旗阿尔寨山上的召庙，又令人将供奉在各旗的成吉思汗八白室（陵寝毡包）集中到一处，带离鄂尔多斯。理由是不能把祖先留给反对他的人。这遭到了鄂尔多斯蒙古人的强烈反对。迁移供奉在扎拉谷（贾浪沟）的三白室时，就发生了暴力事件。
做完这些，林丹汗便亲自来到准格尔召，对准格尔召进行了大规模破坏,这是准格尔召自建成以来，规模最大的一次破坏，很多喇嘛不愿受其驱使，破坏召院，便纷纷躲了起来。林丹汗手持马刀，来到释迦牟尼佛像前，举起马刀要砍掉佛祖的腿。躲在佛祖身后的一名郭尼尔喇嘛惊恐之下，发出了一声惊叫，林丹汗受惊，马刀落在了地上。林丹汗惊恐不已，当晚即病。由此，准格尔召有一条不成文的规矩，刀不入召，不论何人，不论长短，即入寺，先弃刀。也由此，准格尔召的很多禁忌与兵器有关，一直相沿到2003年，被人打破。其年，电视连续剧《乌兰夫》摄制组在此取景，剧情需要，需持刀枪入召拍摄，遭喇嘛抵制，因是革命历史重大题材，几经周折，经自治区民委与宗教局协调，剧组最终带刀枪入召，相沿三百五十余年的禁忌自此终结。剧组撤走后，该召赵祝千活佛于年中忽无疾而终。闲说一笔，记在这里。
林丹汗离开准格尔，西去青海，病情一日重于一日，遂听从大臣建议，将移走的八白室又送回鄂尔多斯原地供奉，以求圣祖庇佑。三个月后，终一病而逝。蒙古帝国最后一位可汗西去，蒙古帝国也由此衰落。
林丹汗西去百多年后，六世达赖喇嘛仓央嘉措莅临准格尔召，成为准格尔召史上的一件大事。六世达赖在听到林丹汗在准格尔召的所作所为后，曾私下里对弟子说：可汗是被准格尔召的喇嘛吓死的。又过了几年，康熙皇帝巡幸准格尔时，也听说了此事。当晚，康熙在忙完军务后，决定改变行程，不再向准格尔西地深入，而是转进达拉特，途经贺勒德苏默，将《古文观止》原编赠与该召。如沿此方向深入，康熙将与鄂尔多斯最大的召庙王爱召相遇。次日，康熙在行进到达拉特旗吉格斯太时，再一次改变路线，又折回准格尔素亥图。这样，康熙就避开了鄂尔多斯草原、也是藏传佛教最大的两处召庙。其后，康熙亲临汇宗寺，使多伦淖尔的宗教地位迅速超越了鄂尔多斯。
这是政治家的游戏，就在这个游戏正酣之时，康熙却出人意外地把刚刚驯服的噶尔丹准格尔部的降众安置在鄂尔多斯左翼前旗，这是准格尔旗名的由来。两年后，康熙改张家活佛为章嘉活佛，并准许将章嘉活佛的家庙建在准格尔旗巨合滩。而赐其驻锡之地却在多伦汇宗寺……这一系列眼花缭乱的政治大手笔下，准格尔已深入到清王朝的核心战略中……
需要提醒的是，康熙从鄂尔多斯离去不久，就在蒙藏草原上大力倡导藏传佛教，并且给予空前绝后的优待。十年后，蒙古族男子出家为僧的人口比例约占到四分之二，而一个庞大的清王朝正蓬勃而出，成为中国历史上最后一个极盛的封建帝国。
准格尔召里这声“佛”的惊叫，真正听懂者、领悟者，非康熙莫属！
九、“母子”文冠果有关的故事
民间流传着一个关于观音殿里“母子”文冠果树背后的暖心小故事。
相传，在准格尔召村有一个叫王华的男孩，自幼父亲去世，家中只有母亲一个靠纺布为生，过得十分清贫。白天母亲要去集市卖布，所以只能在晚上纺布。但是油灯太贵了，母亲只好借着月光来纺布，时间久了眼睛里布满了红血丝。年幼的王华为了不让母亲这么辛苦便每日趁着母亲出去卖布的时候偷跑到准格尔召的观音庙院子里摘文冠果，然后磨成油做成油灯。日复一日，不论春秋寒暑。忽有一日，王华在摘文冠果时被寺院管理人员发现了于是将他驱逐出去，他在奔跑的时候不小心遗落了几颗文冠果。后来，寺院派专人看管观音庙，王华无法进去为母亲摘取文冠果，于是他找到当时掌管寺院政权的王爷说明了自己的来意，并恳求王爷能够开恩赏他几颗文冠果。一开始王爷不肯，因为文冠果当时是用来做供灯的。王华便在王爷府门前跪了三天三夜。终于王爷被他的善心感动了，特批准侍卫每月送几盏油灯供他们母子使用，并每月给村里贫困的家庭发放一定的津贴和粮食。后来，在原来的文冠果树旁长出了一颗新的文冠果树，它就是王华当时遗漏的那几颗文冠果长出来的。随着时间的推移，人们发现这两棵树慢慢长到了一起，最后连树枝都长成了一根。村里的村民都说这是王华的善心感动了观世音菩萨，于是便起名叫它“母子树”。
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